推測(cè)組蛋白修飾與基因表達(dá)關(guān)系
組蛋白修飾是調(diào)控基因表達(dá)的重要表觀遺傳學(xué)機(jī)制,在保持胚胎干細(xì)胞的全能性以及*癥的病理過(guò)程中起到了重要的作用。不同的組蛋白修飾有可能組成復(fù)雜的“組蛋白編碼”。
近兩年來(lái),高通量的染色體**沉淀結(jié)合全基因組DNA芯片或新一代短序列測(cè)序技術(shù)(“ChIP-chip”和“ChIP-seq”)產(chǎn)生了高清晰度的人類全基因組上的諸多組蛋白修飾位點(diǎn)。中科院韓敬東研究組在此基礎(chǔ)上,利用貝葉斯網(wǎng)絡(luò)推測(cè)組蛋白各種不同修飾和基因表達(dá)之間的因果關(guān)系及組合關(guān)系。該方法在PcG復(fù)合物和H3K27me3的數(shù)據(jù)上進(jìn)行測(cè)試,所得結(jié)論和現(xiàn)有的實(shí)驗(yàn)結(jié)果一致。組蛋白各種不同修飾和基因表達(dá)之間建立的貝葉斯網(wǎng)絡(luò)具有很好的交叉驗(yàn)證結(jié)果。它不僅吻合很多已知的組蛋白與基因表達(dá)的關(guān)系(如H3K27me3抑制基因表達(dá),H3K4me3促進(jìn)基因表達(dá),以及這兩種修飾的共同影響),而且發(fā)現(xiàn)了許多新的組蛋白修飾和基因表達(dá)之間的關(guān)系,以及組蛋白修飾相互之間形成的邏輯關(guān)系。
該工作為人們認(rèn)識(shí)不同組蛋白修飾之間的復(fù)雜關(guān)系及其對(duì)基因表達(dá)的影響了一個(gè)新的視角,同時(shí)也為該領(lǐng)域了一種十分重要的研究方法,是破譯復(fù)雜的“組蛋白編碼”研究方面的重要進(jìn)展。該結(jié)果已經(jīng)發(fā)表在6月18日的《基因組研究》
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